离调查事件已经过了一年了，三代火影已经相信鸣人已继承木叶火的意志，会为了木叶付出生命。于是便抽走了大部分属于自己的暗部和根的暗部，更是秘密的接见了伊鲁卡，让他更加照顾鸣人，想用亲情和友谊绑住鸣人，使他不至于怨恨木叶。
自从这以后，鸣人走在路上没人再骂了，在学校也有了很多朋友，使得鸣人更加开朗和自信。
按照鸣人的话来说，他已经不屑于拿金像奖了。
他每天早晨不断的锻炼着身体，晚上调理经脉为主，其他时间恶作剧不断。
就这样鸣人已经有了中忍的CKL量和上忍的身体素质，等到体内经脉完全调理完毕时，他身体能够承受的真元已经有两成了，使得他有点抱怨自己的元神变相的变成和以前的九尾一样是个发电机。
因为没有丹田的原因，没那个人的真元暂时还在封印空间里呆着，这使得鸣人很不爽，，因为每次运转真元，这封印都会干扰让他多浪费一些真元抵消干扰，而元神又在封印空间里，真元恢复起来也很慢。
现在鸣人的情况是真元只能够强化身体，抵抗幻术。不能够真正的使用来御敌。所以当经脉完全重塑好时，鸣人就决定冒险开辟一个丹田。
开辟丹田是个危险性大的工作，不过鸣人为了能够报仇（在这里说一下。以前的六尾魔狐虽然是个天才，但是毕竟还小，所以当融合鸣人的记忆后，鸣人对他的影响也挺大的）不能顾那么多了，不然再过几年鸣人的仇人全部都会死，那可不能算是报仇。为了在开辟丹田时不受干扰，鸣人决定使用苦肉计。
鸣人在一次恶作剧时故意撞到头昏迷了，见到鸣人昏迷，跟在后面的暗部就将他带到木叶医院，三道火影的命令是‘保护和监视，不过以保护为主’。鸣人被带到医院后，三代火影听到消息赶来了，站在三代旁边的一位医生对三代说：“三代大人，鸣人的伤并不严重，但是因为伤了头部看情况最多一个月，最少也得有十几天才能清醒，不过只要好好休息，就不会有后遗症”。听到医生的保证，三代一直皱着的眉头也舒展了，让护士好好的照顾鸣人后，因为事务繁忙也走了。
感应到所有人都走了后，鸣人开始了开辟丹田。先小心的用一成真元护住身体，再将两成真元抽出在丹田的位置凝聚一个小漩涡。
顿时鸣人的身体猛地一颤，豆大的汗珠不停地流着。还好鸣人已经得到了三代火影的信任，在医院没有安排暗部。
到了第二天鸣人体内的真元漩涡开始正常的旋转起来开，这时鸣人突然停止了真元的输出，真元漩涡速度变得最慢。
门被推开穿着护士服的美丽护士带着一些药物进到鸣人的房间，看见鸣人还没有醒来，就帮鸣人擦了汗后走了。不过鸣人清晰地感到一闪而过的杀气，嘴角露出一丝冷笑，想到‘嘿嘿，想杀我，等我开辟出丹田我就会让你们都尝尝我受的苦！！！’。
鸣人在医院已经有一个月了，只有伊鲁卡和三代来看过之外，一个暗部都没有。
所以鸣人就利用这一个月的时间，将体内的真元漩涡终于能够自由的旋转了，只要再用秘术将真元漩涡凝聚到一个点，再引爆就会形成最原始的丹田空间，再用真元慢慢的滋养就能开辟出一个丹田。在将经脉连接丹田形成一个真元循环，就可以慢慢的回复真元。
今天是鸣人出院的日子，三代火影让他在出院后找他，所以他现在就往火影楼走，边走边想着怎样提升自己的实力。
因为他现在一个忍术都不会，，因为不能顺利的运行真元所以体术也是一塌糊涂，唯一能拿手的就是知道剧情和拥有近乎无限的真元和已经被练成第二元神的九尾，不过可惜这两个现在都不能够用。
想着想着，他觉得封印之书是最好的机会，三代因为对鸣人的愧疚和对自己实力的自信，所以肯定将真的封印之书放在那里让他偷。到时封印之书上的忍术都是他的囊中之物。想到问题已经解决了，其他的不过是时间问题所以提了提神，就走进了火影楼。
鸣人还是老样子，直接推开门进去，发现三代火影正在盯着前面的水晶球猥琐的笑着，鸣人突然打了个颤，想到了三代正看着自己洗澡一边猥琐的笑着，就大声叫：
“火影爷爷~~~！！！我来了！！！！”
正在津津有味地看美女的三代火影吓得差点从椅子摔下来，很无奈地道：
“鸣人啊，已经出院了啊~~~虽然知道现在你很高兴，但是不要这样大呼大叫的”嘿嘿，谁叫你不理我~~~呐呐，火影爷爷，我这个月的钱花完了，先借你一点当我当上忍者就还你，怎样？”一点对不理那个卖老的火影，鸣人开始了敲竹杠。
“什么？！又想借钱！！！，”三代瞪大眼睛问道。
“是啊！！！你看我现在正长身子是吧，再吃那些没有营养的饭我可就变矮了，您看啊~~~三代爷爷，如果将来木叶的火影变成一个矮子，那么木叶的面子可就丢了，为了木叶的未来你就稍微牺牲一下吧~”
鸣人很无耻的将自己的未来跟木叶的面子混为一体，自己却想到,‘哼哼，想让本大爷我变成像你们一样的矮子，我可不干。嘿嘿~~~人至贱则无敌，果然是名言啊’。要知道鸣人这招可是屡试不爽啊。
鸣人兴高采烈的走出了火影楼，看见他那得意的模样，就知道他成功了。一想起三代火影像吃了苍蝇的样子，鸣人很想大声的笑。
鸣人很快回到了家里，今天是丹田真真开辟出来的一天，只要过了今天的一关，那么鸣人的丹田可就正式的开辟出来再也没有坍塌的危险。
暗部已经取消了监视鸣人的任务，现在家里可是很安全，所以鸣人直接盘腿坐在地上，开始了最后的努力。
盘腿坐着的鸣人身上发出淡淡的银色光芒，可见已经到了身体的极限。再看看鸣人的体内，那真元漩涡用一种很诡异的速度旋转着，像是极快，又或是极慢。封印空间里的鸣人元神手里结着一些怪异的手印，猛的封印空间像是人的心脏一样急速的收缩着，这收缩的频率很快变得和真元漩涡一停一动的频率一模一样。
最关键的时刻到了，鸣人的元神结的手印越来越快了。而封印空间也开始更加急速的收缩，时间一分一秒的过去，封印空间猛的一颤，漆黑的空间出现了一丝银光。很快封印空间的天空仿佛被撕开了似的开了一个小口，而鸣人体内的真元漩涡‘嘭’的一声爆炸，在爆炸的原点出现了一个漆黑的黑洞，将鸣人体内的所有能量都吸入黑洞里面。
随着黑洞越来越大，封印空间也开始变得明亮起来，封印空间和真元漩涡已经变为一体，很快黑洞开始吞噬九尾的封印，这时封印发出刺眼的蓝光，封印瞬间变大将整个封印空间和真元漩涡都笼罩起来，再次的将合二为一的新封印空间封印了起来。
这时鸣人睁开眼睛，嘴角露出一丝笑容，道：“终于完成了，和我想的一样，就将你称为‘两仪丹田’吧，我复仇有望了，哈哈！！！”。